La Comisión Nacional es la máxima instancia o autoridad del MNP y ejerce la representación institucional; está integrada por seis comisionados y comisionadas titulares, que duran cinco años en sus funciones y no pueden ser reelectos. La elección está a cargo del Órgano Selector, instancia integrada para el efecto por representantes de la sociedad civil y los poderes del Estado.
Recibirán las postulaciones de lunes a viernes de 08:30 a 12:00 en las oficinas del MNP, situadas en Azara Nº 2059, entre Mayor Bullo y General Bruguez, Asunción.