"Los comicios son válidos", declaró el presidente de la CEC, Dmitri Marshán, citado por la agencia rusa Interfax.
Marshán señaló que para las 15.00 hora local (11.00 GMT) la participación ciudadana era del 43 %, muy por encima del 25 % exige la normativa abjasia para darle validez a las elecciones.
En la segunda vuelta se miden el presidente en funciones y candidato favorito a la victoria, Badra Gumba, y Adgur Ardzinba, quienes hace dos semanas obtuvieron el 46,38 % y el 36,92 % de los votos, respectivamente.
Los comicios, cuya legitimidad no reconoce Georgia ni la comunidad internacional, fueron convocados con carácter extraordinario después de la dimisión en noviembre pasado del anterior presidente, Aslán Bzhania, ante la presión de la oposición que paralizó la gestión del Ejecutivo.
Los opositores abjasios tomaron los principales edificios gubernamentales de la república separatista en protesta contra un acuerdo de inversiones con Moscú que consideran funesto para los intereses de Abjasia,
Tras unos violentos disturbios, el Parlamento acabó por rechazar el polémico documento.
Unos 130.000 abjasios están convocados las urnas en esta jornada de votación, cuyos resultados preliminares se conocerán mañana domingo.
Ya antes de la primera vuelta Unión Europea anunció que no reconoce "el marco constitucional y jurídico" de las elecciones presidenciales abjasia y "apoya la integridad territorial y la soberanía de Georgia, tal como las reconoce el derecho internacional".
Según el Gobierno georgiano, cualquier votación en un territorio ocupado, como Tiflis considera Abjasia, es "ilegal y no tiene ningún efecto jurídico, ya que contradice los principios y normas fundamentales del derecho internacional".
Tras la guerra ruso-georgiana de 2008 por el control de la región separatista georgiana de Osetia del Sur, Rusia reconoció las independencias suroseta y abjasia.