El hecho ocurrió hacia las 14.00 hora local (17.00 GMT) en la represa de Jaguari, en área rural de Bragança Paulista, municipio del interior del estado más poblado de Brasil y a 85 kilómetros de Sao Paulo, según informó el Cuerpo de Bomberos.
Las víctimas, dos hombres de 72 y 74 años, eran los únicos ocupantes de la aeronave.
Según testigos, el hidroavión se volteó por razones desconocidas al tocar agua y tras un aterrizaje que parecía sin problemas.
El Cuerpo de Bomberos envió seis equipos de socorristas y un helicóptero al lugar del accidente ante la posibilidad de ayudar a los posibles sobrevivientes.
Aunque la Policía informó inicialmente que había dos desaparecidos, los bomberos aclararon que tan sólo había dos personas en el interior de la aeronave.