Según un comunicado de Defensa, el incendio que provocó la explosión y cuyas causas se desconocen se produjo a las 06.15 hora local (03.15 GMT) en una unidad militar emplazada junto a la localidad de Maiskoe.
De momento, las autoridades no han informado de víctimas en el siniestro, que según la administración local obligó a evacuar a cerca de 2.000 personas de Maiskoe.
"He salido en dirección a Maiskoe (...). Se están investigando las causas de lo sucedido. Informaré a medida de que tengamos datos", escribió en su canal de Telegram el jefe de la administración de Crimea, Serguéi Aksiónov.
La agencia local Kriminform informó de que también se produjo un incendio un subestación eléctrica de Dzhankoe, la capital del distrito homónimo donde se encuentra Maiskoe.
La detonación del depósito de municiones se produce una semana después de una serie de explosiones en un aeródromo militar también el península de Crimea, anexionada por Rusia en 2014.
Ucrania, que negó que hubiese atacado el aeródromo, indicó que dichas explosiones destruyeron una decena de aviones de guerra ruso.
Moscú, por su parte, señaló que las explosiones en el aeródromo se debieron a un incendio fortuito.