De origen judío, nació el 17 de octubre de 1946 en Varsovia y estudió Historia en la Universidad de Varsovia, donde trabajó como Profesor Asistente en la Facultad de Historia.
Considerado como disidente desde su adolescencia, tras las protestas de estudiantes e intelectuales de 1968 contra el Gobierno comunista y la subsiguiente campaña antisemita de las autoridades, fue condenado a tres años de cárcel, aunque quedó en libertad antes por una amnistía.
En los años setenta intervino en la fundación del Comité de Defensa de los Trabajadores (KOR) que se disolvió años más tarde. En 1980 ingresó en el sindicato independiente polaco Solidaridad, en el que fue consejero.
Tras el golpe del 13 de diciembre de 1981 fue internado en la cárcel de Bialoleka, en las proximidades de Varsovia, y permaneció encarcelado sin juicio hasta agosto de 1984.
Acusado junto a otros de querer derribar el sistema por la fuerza, Michnik se negó a aceptar la liberación y declaró "haber sido sacado contra su voluntad de la prisión".
Fue encarcelado de nuevo en febrero de 1985 por sus actividades en el sindicato Solidaridad y en agosto de 1986 fue liberado en virtud de la amnistía concedida el 22 de julio de ese año.
En 1989 fundó el periódico "Gazeta Wyborcza" (La Gaceta Electoral), del que pasó a ser director.
El 4 de junio de 1990, Lech Walesa anunció su destitución del cargo, en una carta dirigida al periodista en la que afirmaba que "en el momento actual no se puede aceptar la línea política de esta publicación".
Sin embargo, dicha destitución no se llevó a cabo, ya que, según explicó Michnik, el periódico no fue fundado por el líder sindical y posterior presidente de Polonia, sino por un grupo de periodistas que publicaron el diario clandestino "Tygodnik Mazowsze" con el símbolo gráfico de Solidaridad desde 1982.
Fue miembro del Parlamento entre 1989 y 1991, pero dejó la política para centrarse en el periodismo.
En 1989 fue designado Europeo del año por un grupo de representantes de medios de comunicación internacionales, por su contribución a la evolución democrática en el este de Europa.
Al año siguiente participó en la fundación del movimiento ciudadano "Acción Democrática" (ROAD), creado en Varsovia.
A lo largo de su carrera ha recibido numerosas distinciones entre las que figuran: el Premio Robert F. Kennedy de derechos humanos (1986); el Premio Europa de Periodismo 1995, que otorga la Asociación de Periodistas Europeos (APE); el Premio Francisco Cerecedo de Periodismo (1998); el Premio Erasmus (2001), por su contribución a la construcción de Europa; el premio Joaquín Garrigues Walker (2001); y el Premio Ortega y Gasset (2016).
En Alemania recibió en 2011 la Medalla Goethe.
En 1999 fue galardonado con la Orden del Mérito de la República de Chile y en 2000 el Instituto de Prensa Internacional (IPI), con motivo del 50 aniversario de la fundación del Organismo, le incluyó entre la lista de los 50 héroes de la libertad de prensa.
Es una de las figuras históricas de la política en Polonia, autor de "La Iglesia, la izquierda y el diálogo", "Historia del honor en Polonia", "Cartas desde la prisión" y “En busca del significado perdido”, entre otros libros.